Der Sohn eines Arztes besuchte 1710 bis 1715 das Gymnasium in Schweidnitz, wo sein Jugenddrama „Die von Theodosio bereute Eifersucht“ aufgeführt wurde. Er verlobte sich mit Magdalena Eleonore Jachmann, der „Leonore“ seiner späteren Gedichte.

Obwohl Günther aus sehr armen Verhältnissen stammte, fand er durch seinen Vater finanziell gut situierte Gönner, die ihn in Wittenberg und Leipzig studieren ließen. Nach dem Besuch des Gymnasiums wurde er 1715 von seinem Vater, einem Landarzt, zum Medizinstudium nach Wittenberg geschickt. Mit dem Studium der Medizin konnte sich Günther jedoch nicht anfreunden. Es kam zum Zerwürfnis mit dem Vater. Sein Vater lehnte die Absicht Günthers, seinen Lebensunterhalt als Dichter zu bestreiten, strikt ab. 1716 ließ sich Günther zum Poeta laureatus Caesareus krönen. Die damit verbundene Zeche der Feier konnte Günther nicht aufbringen. Daher landete er im Jahr 1717 in einem Schuldgefängnis, um seine Schuld auf diese Weise zu begleichen.

Danach, ebenfalls im Jahr 1717, ging er an die Universität Leipzig und schrieb sich dort ein. Er wurde von dem Schriftsteller und Historiker Johann Burckhardt Mencke gefördert, der sein Talent erkannte. Trotz Anstrengungen Menckes gelang es ihm 1719 nicht, ihm eine Stelle als Hofdichter Augusts des Starken in Dresden zu beschaffen. Ein Versuch, sich 1720 als Arzt in Kreuzburg in Schlesien niederzulassen, misslang ebenso wie die Bemühung um eine Aussöhnung mit dem Vater. Immer wieder hat Johann Christian Günther versucht sich mit seinem Vater zu versöhnen und dies immer in Form von Gedichten, obwohl er wusste dass der Vater seinen Gedichten feindselig gegenüberstand. Günther war nicht bereit seine Dichtkunst für ein Leben, das rein im Dienste der Wissenschaft stehen sollte, aufzugeben. Günther war ein Freigeist und ein Überflieger, der sich selbst kaum bändigen konnte. Zu einer Versöhnung mit seinem Vater kam es aus diesem Grunde nie. Eine Alkoholsucht, der Günther nicht Herr wurde, tat ihr Übriges.

Johann Christian Günther lebte als Gast bei den Familien verschiedener Studienfreunde. 1722 kehrte er Schlesien den Rücken und ließ sich gesundheitlich bereits angeschlagen in Jena nieder. Dort starb er völlig verarmt im Alter von 27 Jahren am 15. März 1723, vermutlich an Tuberkulose. Seine gesammelten Gedichte wurden erst nach seinem Tode veröffentlicht.

Goethe erklärt, dass Günther ein Dichter im wahrsten Sinne des Wortes war. Seine lyrischen Gedichte insgesamt zeugen von tiefer und lebendiger Sensibilität, feiner Phantasie, klugem Witz und einem wahren Gespür für Melodie und Rhythmus; aber in den meisten von ihnen ist ein Hauch von Zynismus mehr oder weniger präsent, und langweilige oder vulgäre Witze werden nicht selten Seite an Seite mit den reinsten Inspirationen seines Genies gefunden. In der Literaturgeschichte stellte Johann Christian Günther mit seinen Werken den Übergang vom Barock zur Aufklärung und zum Geniekult des Sturm und Drangs dar. Er gehört heute zu den bedeutendsten deutschen Lyrikern des frühen 18. Jahrhunderts.